Bruker谱仪采集的NUS数据采集及其NMRPipe处理

谱仪采集NUS设置

首先在采样的时候需要把“FnTYPE”设置为“non-uniform_sampling”。同时在NUS设置参数里面,可以修改采样率NusAMOUNT 。对于采样率选择,要根据谱峰的稀疏性来选择。正常来说采样点数差不多是谱峰点数的5~10倍,比如2D的核磁谱图,间接维td设置为128,NUSAMOUNT设置为50%,那么采样点数为64,在一行上运行最大信号点数差不多为12个点。


图片摘抄NMRPipe_NUS_v46.pptx

采样点间隔安排可以使用随机,也可以自己导入NUSLIST。根据bionmr里面说的2D的NUS谱图,推荐使用“deterministic Sine-Burst”采样,说是比“pseudorandom Poisson-Gap”具有更低的“average IST”重构误差。在bionmr-Powers Group提供在线计算2D,3D和4D的NUS点数的网格,包括PG(Poisson-gap),SB(Sine-burst)和SG(Sine-Gap)。自己导入就是通过计算得到nuslist,然后拷贝到谱仪计算机“/opt/topspin3.2.6/exp/stan/nmr/lists/vc/”里面。关于采样点间隔各种模式的考虑,有机会做做实验,再补充。

NMRPipe在ubuntu中安装

NMRPipe网站上下载相关的文件,记得系统要有csh,然后chmod +x install.com,可以直接运行安装在当前目录里面./install.com也可以安装在另外一个目录./install.com +src /media/xxx/ 在NMRPipe网站上面有详尽的安装说明。

NMRPipe中的bruker程序变换

在数据的ser那个文件夹层级里面进入csh; bruker,就会跳出bruker程序窗口,如下:

然后点击Read Parameters,其中Acquisition Mode除了是gradient enhanced的需要设置为Echo-AntiEcho其他都设置为Complex就可以了。其他的暂时不用修改,可以点击Run NMRDraw in Process Mode After Conversion,有一行用NMRDraw做后面的处理,可以更加方便。然后点击运行Execute Script就可以了。然后直接会跳出NMRDraw界面。

NMRPipe中的nmrDraw程序调整和变换

如上图显示的NMRDraw界面,在左侧面有数据变换的选项,这个便捷性在于你更改变换,update完成Excute FT就可以查看数据结构,不需要去修改代码,直接界面修改就好,而且数据显示也直接,可以查看XY,XZ,YZ投影数据,也可以看每一个面的数据情况。


刚开始都会先调整直接维的相位。点击h,然后看最开始一条fid的信号,然后点击Proc->1D process,点击Phasing: On调节相位P0和P1,这个时候正常HN维度的相位信息也会跟着变换。然后update->Execute FT,查看数据情况。

接着需要注意是否需要Reverse(-neg)或者Rotate Halves (-alt)这两个是间接为需要考虑的。如下图在Y-15N出现上下颠倒,就可以在Y轴加上neg参数。


如下图在Y轴出现分开在两边这种情况,就可以考虑alt参数。

我从youtube上面下载NMRPipe处理NUS的视频。