NP-MRD:天然产物核磁共振数据库

长期以来,核磁共振波谱一直被视为新型天然产物和新型代谢物结构测定的“黄金标准”。不幸的是,天然产物的 NMR 光谱数据库非常稀少。

NP-MRD(https://np-mrd.org/)由美国国立卫生研究院(NIH)资助。自 2020 年推出以来,它已迅速发展成为世界上最大的天然产物和代谢物的 NMR 数据存储库。它目前包含来自>7400种不同生物物种的近41,000种天然产物化合物的结构和 NMR 数据。NP-MRD 中的所有结构、光谱和描述性数据都可以以多种格式交互式查看、搜索和免费下载。

NP-MRD数据库内容介绍

NP-MRD 由美国国立卫生研究院(NIH)、国家补充和综合健康中心(NCCIH)和膳食补充剂办公室(ODS)资助,作为天然产物社区生成的所有NMR数据的中央信息交换所。它被设计为包含已知天然产物的实验核磁共振波谱(1D 和 2D 时域数据以及处理后的波谱)、实验 1H 和 13C NMR 化学位移和 J 耦合常数、化学结构数据(2D 和 3D 结构数据、原子编号)和元数据(命名法、文献来源、生物来源、分类数据、实验方法等)。NP-MRD旨在非常具有包容性,并对天然产品使用非常广泛的定义。细菌、真菌、藻类、植物、海洋无脊椎动物、昆虫、鱼类或动物(包括人类)产生或生物转化的任何化合物(<2 kDa)都被视为天然产物,可以包含在NP-MRD中NP-MRD 团队选择了 2 kDa MW 限值,以将其与 BMRB 区分开来。较大的生物分子和生物聚合物 (>2 kDa) 应存放在BMRB

其他核磁数据库情况

在过去的二十年中,已经开发了几个“私人”数据库和其他开放免费的天然产物的核磁共振数据。

数据库链接地址介绍
NAPROC-13https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17956876包含超过21,000种天然产物的文献衍生13C NMR波谱数据
CH-NMR-NPhttps://www.j-resonance.com/en/nmrdb/包含29500种天然产物的文献衍生的1H/13C NMR数据
Spektraris NMRhttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25534952包含约2000种植物天然产物的文献衍生NMR数据
SBDShttps://sdbs.db.aist.go.jp光谱数据库,含有900多种天然产物的1H和13C NMR数据
BMRBhttps://bmrb.io/BioMagResBank,包含2154种天然产物/代谢物的1H/13C NMR数据
C6H6https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28981966包括506种化合物的1H和13C的NMR数据
nmrshiftdb2https://nmrshiftdb.nmr.uni-koeln.de/包含近1200种天然产物的NMR数据以及43000种其他合成分子的光谱数据
HMDBhttps://hmdb.ca/人类代谢组数据库,包含1480种天然产物的1H和13C NMR数据

SBDS,BMRB,C6H6,nmrshiftdb2 HMDB NAPROC-13、CH-NMR-NP Spektraris 不同,这些数据库包含大量 NMR 实验数据和 NMR 指认。

参考文献:Wishart DS, Sayeeda Z, Budinski Z, Guo A, Lee BL, Berjanskii M, Rout M, Peters H, Dizon R, Mah R, Torres-Calzada C, Hiebert-Giesbrecht M, Varshavi D, Varshavi D, Oler E, Allen D, Cao X, Gautam V, Maras A, Poynton EF, Tavangar P, Yang V, van Santen JA, Ghosh R, Sarma S, Knutson E, Sullivan V, Jystad AM, Renslow R, Sumner LW, Linington RG, Cort JR. NP-MRD: the Natural Products Magnetic Resonance Database. Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D665-D677. doi: 10.1093/nar/gkab1052. PMID: 34791429; PMCID: PMC8728158.